Napisanie pracy magisterskiej nie jest ostatnim dużym wysiłkiem studenta na studiach. Pozostaje jeszcze kwestia jej obrony, czyli zdania egzaminu dyplomowego (w tym przypadku - magisterskiego).
Tak zwana obrona pracy magisterskiej stanowi ostatni egzamin na studiach. Od jego wyniku zależy ocena, jaka zostanie wpisana do dyplomu (reguluje to zazwyczaj regulamin danych studiów, który określa, jakie składowe wpływają na ocenę, np. średnia ocen z wybranych przedmiotów, ocena pracy magisterskiej oraz oraz z obrony).
Obrona pracy magisterskiej wygląda na wszystkich kierunkach podobnie. Studenci są egzaminowani przez zwykle trzyosobową komisję, w której zasiadają: promotor, recenzent oraz inny naukowiec, np. szef wydziału czy innej jednostki naukowej na wydziale albo inny specjalista z materii, której dotyczą prace magisterskie "bronione" na egzaminie w danym dniu.
Obrona pracy magisterskiej wiąże się ze sporym stresem dla studentów, którzy z jednej strony czują, że najgorsze już za nimi, ale z drugiej nie mogą być do końca pewni, że członkowie komisji potraktują ich ulgowo.
W związku z tym trzeba się przygotować do ostatniego na studiach egzaminu, czyli powtórzyć zagadnienia wyszczególnione na liście, jaka publikowana jest przez wydział na pewien czas przed obroną. Podczas powtórki przydają się różne pomoce, opracowania, ściągi przygotowywane przez pięć lat edukacji na poziomie wyższym.